La construction d’un méthaniseur et les aires de stockage engage les partenaires d’un tel projet pendant 15, 20, voire 25 ans. Les statuts de la société, le pacte d’associés et le règlement intérieur porteront juridiquement ce projet. Une fois élaborés, ces trois documents incontournables seront en quelque sorte sa colonne vertébrale.
Clément Bizouard, expert-comptable diplômé (cabinet Bizouard et Associés, membre d’AgirAgri, groupement d’experts-comptables et d’avocats spécialistes du monde agricole), livre son analyse.
La rentabilité d’un site de méthanisation repose sur la capacité à produire en permanence de l’électricité ou du gaz en approvisionnant régulièrement le méthaniseur. Parallèlement, la valorisation du digestat permet aux agriculteurs partenaires d’un tel projet de réaliser d’importantes économies d’engrais. Aussi, structurer juridiquement un site de production de biogaz est un acte fondateur. Une société sera constituée, dotée de statuts complétés par un pacte d’associés et un règlement intérieur. Les associés ont intérêt à se faire accompagner dans cette démarche par un avocat ou un expert-comptable.

Produire de l’énergie & diversifier vos revenus
- Les garanties avant le démarrage des travaux
- Contribuer sans porter le projet : apporter vos effluents à une unité voisine
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La société créée devra être propriétaire du site industriel où sera produit le biogaz ou l’électricité par cogénération. En conséquence, la parcelle sur laquelle seront édifiés le digesteur et les aires de stockage des effluents et du digestat, sera vendue par le propriétaire actuel, en général un associé, à la société créée ad hoc.
Entre-temps, les statuts de la société auront été rédigés en portant les informations formelles pour la constituer juridiquement. Puis, ils auront été déposés au tribunal de commerce pour immatriculer la société et lui conférer une personnalité morale.
Anticiper toutes les situations
Le pacte d’associés, ses clauses et le règlement intérieur sont les « modes d’emploi » de la société. Ils comprennent toutes les informations nécessaires pour apporter des solutions aux conflits entre associés ou aux problèmes de fonctionnement qui pourraient survenir au cours des 15-20 prochaines années. D’où l’importance d’y apporter beaucoup d’attention.
Le pacte d’associés est une convention établie entre associés parallèlement à la rédaction des statuts de la société. C’est un acte juridique extra-statutaire visant, entre autres, à organiser les mouvements de titres et le fonctionnement de l’entreprise.
Le pacte d’associés est aussi un acte « secret » dans la mesure où il n’est pas connu des tiers. Contrairement aux statuts, il n’est pas déposé au greffe du tribunal de commerce.
Ce pacte est accompagné de clauses spécifiques qui porteront sur le fonctionnement de la société. Par exemple, un des chapitres de ce document traitera du « gisement ». Il définit pour chacun des associés les quantités de matières à livrer, le calendrier à respecter ou encore les questions logistiques.
Le document mentionne aussi les mesures à prendre si un des associés ne tient pas ses engagements, en distinguant toutefois ce qui relève de sa responsabilité (approvisionnements insuffisants) de ce qui relève du cas de la force majeure, comme un accident climatique ou le non renouvellement du bail qui entraînerait une baisse de la production livrable de substrats sur laquelle l’associé s’était engagé.
Les clauses spécifiques visent aussi à apporter des solutions à des situations imprévisibles, mais pas impossibles, dont il est nécessaire d’anticiper la survenance.
Par exemple, la clause spécifique d’agrément d’un nouvel associé explique comment gérer le remplacement d’un partenaire par un autre. Elle décrit aussi les conditions à remplir pour céder ou vendre ses parts sans compromettre la production de biogaz.
Différentes conditions peuvent être envisagées, selon qu’il s’agit d’une cession entre deux membres d’une même famille ou d’une transmission à un tiers. Et si l’événement est probable, les associés définissent, dans la clause spécifique, comment l’enfant d’un des partenaires du projet succédera à son père dans quelques années.
Outre la question de la succession, l’enjeu est l’approvisionnement du méthaniseur lorsqu’un associé quitte la société. Qu’adviendra-t-il des substrats apportés par le cédant ? Les partenaires de la société pourront-ils compter sur ses terres pour produire des cultures intermédiaires ou bien devront-ils acquérir une partie du gisement auprès d’un tiers ? L’enjeu n’est ni plus ni moins que l’autonomie de l’approvisionnement du digesteur !
Des sites de méthanisation menacés par la fin des néonicotinoïdes
« La confirmation de l’interdiction des néonicotinoïdes avec la récente censure du Conseil constitutionnel de cet aspect de la loi Duplomb, menace la pérennité de la filière betteravière, mais aussi le fonctionnement de nombreux sites de méthanisation », mentionne Clément Bizouard, expert-comptable diplômé Commissaire aux comptes au cabinet Bizouard.
Si les betteraves sucrières sont victimes d’attaques de pucerons, les rendements des parcelles baisseront. Or moins de betteraves récoltées, c’est moins sucre, mais aussi moins de pulpes disponibles pour alimenter les sites de méthanisation dans les régions où la culture de betteraves est courante.
Les nouvelles variétés de betteraves résistantes à la jaunisse tardent à arriver, alors que doivent faire les planteurs ? Au cours du printemps 2023, des planteurs avaient déjà réduit la superficie de betteraves qu’ils avaient prévu de semer dans leur assolement, quand ils n’ont pas tout simplement renoncé à en cultiver.
Mais comme les sites de méthanisation doivent être en permanence approvisionnés, les agriculteurs devront possiblement trouver de nouveaux gisements bon marché pour que la production de gaz se poursuive sans encombre.

Trouver le juste équilibre
Autre clause spécifique à prévoir : la détermination des prix de vente des matières premières livrées qui constitueront le gisement. Ils devront couvrir les coûts de production de chaque substrat sans pour autant être fixés à un prix démesuré. Sinon, la production de méthane ne serait plus rentable. Mais les modalités de révision du prix pourront aussi être envisagées dans le pacte pour prendre en compte l’évolution des coûts de production.
À la différence de nombreux projets d’entreprises, les détenteurs de parts sociales d’une société de production de biométhane sont souvent des agriculteurs. Aussi, l’enjeu de la répartition des parts sociales consiste à trouver le juste équilibre entre les prix de cession des substrats par la ferme et la distribution de bénéfices par la société de méthanisation.
Si chacun des associés en acquiert au prorata des quantités de substrats apportées, les bénéfices de la production de gaz ou d’électricité seront alors répartis dans les mêmes proportions.
Si, pour une raison ou une autre, un associé ne détient que 20 % des parts sociales de la société qui porte le méthaniseur, alors qu’il s’est engagé à livrer 40 % du gisement, une partie des bénéfices sera alors versée aux autres associés qui détiennent plus de parts sociales. Pourtant, ils n’auront pas approvisionné en proportion le digesteur. Mais le pacte d’associés peut aussi prévoir une autre répartition : ils pourraient ainsi décider de fixer un prix de cession du gisement qui rémunère très correctement le substrat livré et ne verser des bénéfices que pour rémunérer les capitaux apportés.
Enfin, un porteur de projet peut détenir la quasi-totalité des parts sociales de sa société de méthanisation, s’il est seul à la financer. Aussi, il contractualisera la fourniture de gisements. Mais cette approche très industrielle du projet, fort éloignée de l’activité de diversification et de valorisation à laquelle les agriculteurs adhèrent en fournissant leur substrat, est plus risquée. En effet, elle dépendra des fournisseurs, libres de fixer le prix de vente de leur substrat, ou de ne pas produire si le prix est trop faible. Compte tenu des investissements initiaux, sécuriser les approvisionnements est indispensable pour une unité de méthanisation.
Traçabilité des substrats et réduction des GES : de nouvelles contraintes
La méthanisation ne doit pas concurrencer l’activité agricole destinée à l’alimentation animale et humaine. La directive de la Commission européenne RED II (Renewable Energy Directive 2018/2001/EU) impose aux méthaniseurs de tracer les différents intrants qui alimentent les méthaniseurs : CIVE, cultures principales et résidus de cultures issus directement du champ (paille par exemple).
Aussi, les agriculteurs méthaniseurs devront fournir des auto-déclarations sur lesquelles ils auront mentionné tous les apporteurs de gisements. Sur ce document, ils auront aussi indiqué les quantités ou les volumes des stocks d’intrants présents sur site (tenue d’un bilan massique). Le respect de cette directive REDII conditionne le tarif auquel l’électricité est revendue à l’opérateur national. « Cette traçabilité représente une contrainte administrative de taille pour les chefsd’entreprise. Si on comprend bien l’objectif du législateur, on ne peut que regretter qu’il change les règles du jeu en cours de route dans de tels projets industriels », déplore Clément Bizouard, expert-comptable diplômé Commissaire aux comptes au cabinet Bizouard.
Selon l’opérateur de gaz GRDF, les lots produits sur des sites mis en service entre le 1ᵉʳ janvier 2021 et le 31 décembre 2025 doivent présenter un potentiel de réduction des GES d’au moins 70 % par rapport à une émission résultant de l’utilisation d’un combustible fossile de référence. Cette exigence passera à 80 % pour les sites mis en service à compter du 1ᵉʳ janvier 2026.